Mary, regina Scoției explorează tumultuoasa viață a charismaticei Mary Stuart, regina Scoției. Regină a Franței la 16 ani, și văduvă la 18 ani, Mary desfide presiunea curții de a se recăsători. În schimb, ea se întoarce în Scoția natală pentru a-și revendica tronul care I se cuvenea de drept. Dar Scoția și Anglia se află ambele sub controlul puternicei Elisabeta I. Fiecare tânără regină o prețuiește pe cealaltă cu o fascinație amestecată cu teamă. Rivale la putere, dar și în dragoste, într-o lume patriarhală, cele două trebuie să decidă cum să joace cartea căsătoriei în așa fel încât să-și păstreze și independența. Hotărâtă să fie mai mult decât o figură simbolică, Mary își exprimă dorința de a revendica tronul Angliei, amenințând, astfel, suveranitatea reginei Elisabeta. Urmează un șir lung de trădări, revolte și conspirații la ambele curți, care vor pune pericol ambele tronuri și care vor schimba cursul istoriei.
